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菊花的典范物种seticuspe中的从头全基因组装配，及其在遗传和基因发现分析中的应用。,DNA Research

来源：花匠小妙招时间：2024-11-22 03:58

菊花的典范物种seticuspe中的从头全基因组装配，及其在遗传和基因发现分析中的应用。
DNA Research ( IF 3.9 ) Pub Date : 2019-01-29 , DOI: 10.1093/dnares/dsy048
Hideki Hirakawa 1 , Katsuhiko Sumitomo 2 , Tamotsu Hisamatsu 2 , Soichiro Nagano 1, 3 , Kenta Shirasawa 1 , Yohei Higuchi 4 , Makoto Kusaba 5 , Masaji Koshioka 6 , Yoshihiro Nakano 2 , Masafumi Yagi 2 , Hiroyasu Yamaguchi 2 , Kenji Taniguchi 5 , Michiharu Nakano 5 , Sachiko N Isobe 1

栽培菊花（Chrysanthemum morifolium Ramat。）是全世界种植的经济上最重要的观赏作物之一。它具有复杂的六倍体基因组（2n = 6x = 54）和大基因组大小。二倍体菊花seticuspe通常被用作栽培菊花的模型，因为这两个物种密切相关。为了扩大对菊花的了解，我们在这里使用Illumina测序平台在C. seticuspe中进行了从头开始的全基因组组装。XMRS10是通过自兼容菌株AEV2的五代自杂交开发而来的C. seticuspe菌种，用于基因组测序。由354,212个支架组成的2.72 Gb组装序列（CSE_r1.0）覆盖了通过k-mer分析估计的3.06 Gb seticuspe基因组的89.0％。支架的N50长度为44,741 bp。对于蛋白质编码基因，推导了71,057个带注释的基因（CSE_r1.1_cds）。接下来，基于组装的基因组序列，我们进行了C. seticuspe和栽培菊花的连锁图构建，基因发现和比较分析。生成的C. seticuspe连锁图揭示了AEV2基因组中偏斜的区域。在基因发现分析中，在CSE_r1.1_cds中新发现了与开花相关的候选基因。此外，对C.×morifolium基因组的单核苷酸多态性鉴定和注释表明，C。seticuspe基因组可用于栽培菊花的遗传分析。预期本文组装的基因组序列将有助于未来的菊花研究。此外，

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更新日期：2019-11-01

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所属分类：花卉