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玉米隐花色素基因的电子克隆及生物信息学分析

来源：花匠小妙招时间：2025-09-09 10:17

电子克隆

玉米科学2010，18(2)：30～36文章编号：1005-0906(2010)02-0030-07

JournalofMaizeSciences

玉米隐花色素基因的电子克隆及

生物信息学分析

朱春利1，张桂荣1，邵淑慧2，彭小红1，杜金友1

(1.河北科技师范学院，河北秦皇岛066600；2.中国环境管理干部学院，河北秦皇岛066604)

摘要：用电子克隆的方法得到玉米隐花色素的cDNA全长序列，发现该基因包括4个外显子和3个内含子，

其表达产物与水稻、大麦等具有较高的相似性。

关键词：玉米；蓝光受体；电子克隆；生物信息学中图分类号：S513

文献标识码：A

AnalysisonSilicoCloningofCryptochrome1Genefrom

ZeaMaysandBioinformatics

ZHUChun-li1,ZHANGGui-rong1,SHAOShu-hui2,PENGXiao-hong1,DUJin-you1

(1.DepartmentofLifeSciences,HebeiNormalUniversityofScienceandTechnology,Qinhuangdao066600;

2.EnviromentManagementCollegeofChina,Qinhuangdao066604,China)

Abstract:IthadbeenclonedcompletelythatcDNAofcryptochrome1genefromZeaMaysthroughinSilicoCloning.Theresultsofsequenceanalysisshowedthatitincluded4exonsand3intronsandthishypothesisproteinshowedhighsimilaritywithOryzasativaJaponicaGroup,Hordeumvulgaresubsp.Vulgareetc.

Keywords:ZeaMays;Blue-lightphotoreceptors;SilicoCloning;Bioinformatics电子克隆(Insilicocloning)策略是近年来随着基因组计划的实施而出现的一种基因克隆新方法，依赖于表达序列标签(Expressedsequencetags，EST)数据库，利用生物软件拼接延伸EST序列，获得目的基因的全长cDNA序列。

隐花色素(Crypochrome，CRY)是一种蓝光受体，主要介导植物的光形态建成和调节动植物的生物钟。大多数植物隐花色素都是黄素类蛋白，70～80

kd，有两个功能区[1，，氨基端PHR(photolyase-relateddomain)和羧基端CCT(CryptochromeCTerminaldo-main)。PHR区和光裂解酶类似[3]，可以结合两个生色团[4～7]FAD(flavinadeninedinucleotide)和MTHF(5，10-methenyltetrahydrofolate)；CCT区包含一个DQXVP-acidic-STAES(DAS)序列，DAS从低等的藓类、蕨类到高等的被子植物都是保守的。CCT区其他部分序

列的保守性要比PHR区差[8]。目前已经在拟南芥、水稻、番茄等多种植物中克隆到CRY基因。本实验利用电子克隆的方法获得玉米CRY1基因的全长cDNA序列并进行生物信息学分析。

1.1

材料与方法

玉米CRY1基因的电子克隆

用水稻CRY1序列在玉米EST数据库中进行同源检索，将得到的高度相似的EST序列用综合序列分析软件BioEdit进行拼接，得到重叠群contig。用contig再次检索、拼接，重复以上过程直至没有更多的重叠EST检出。1.2

玉米CRY1基因的序列分析

收稿日期：2009-04-11

基金项目：河北省自然基金(303451)、河北科技师范学院博士基金作者简介：朱春利(1983-)，男，山东聊城人，在读硕士，主要从事植

物分子生物学的研究。Tel：15811202741E-mail：zhu_cl1983@http://www.wendangxiazai.com

杜金友为本文通讯作者。E-mail：djinyou@http://www.wendangxiazai.com

1.2.1开放阅读框预测

在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html上利用OFRFinder软件进行开放式阅读框分析。1.2.2基因外显子与内含子分析