三色堇花色素合成途径中部分结构基因的克隆及生物信息学分析

三色堇花色素合成途径中部分结构基因的克隆及生物信息学分析

【摘要】：【目的】对三色堇花色素合成的3个结构基因VwCHS、VwCHI和VwF3 H进行克隆以及生物信息学分析。【方法】利用RACE/PCR技术克隆得到VwCHS、VwCHI和VwF3 H基因的全长序列,并通过在线分析软件对其生物信息学进行分析。【结果】获得VwCHS、VwCHI和VwF3 H的cDNA全长分别是1 481,975和1 361bp;经多重序列比对发现这3个基因编码的氨基酸与其他植物相关氨基酸一致性较高,主要集中在62%~90%,并且在CHS氨基酸序列中有4个催化活性位点(Cys171、Phe222、His310、Asn343),在CHI氨基酸序列中有4个催化活性位点(Thr50、Tyr108、Asn115、Ser192),在VwF3H氨基酸序列中有5个催化活性位点(Asp218、His253、Arg215、Arg284、Ser286);VwCHS、VwCHI、VwF3H的蛋白质分子量分别为9.91,5.37,4.1ku,等电点为5.02,5.16,5.44;二级结构预测发现,VwCHS和VwCHI二级结构主要是α螺旋,分别占43.39%和41.89%,VwF3H的蛋白质二级结构主要是无规则卷曲,占42.30%;聚类分析发现VwCHS、VwCHI和VwF3H分别归属于各自的聚类簇。【结论】VwCHS、VwCHI和VwF3H是不存在信号肽的非跨膜蛋白。

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