光皮树全基因组解析及重要生长性状QTL定位

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目录

第一章绪论

1光皮树研究应用现状

1．1光皮树资源概况

1．2光皮树良种选育与繁殖技术研究

1．3光皮树遗传多样性与分子标记辅助育种研究

2林木基因组研究概述

2．1测序技术

2．2基因组测序技术发展与应用

2．3木本植物基因组研究现状

3基因组组装概述

3．1基因组注释

3．2比较基因组和进化分析

3．3基因家族分析

4木本植物遗传连锁图谱构建及QTL定位

4．1作图群体的选择

4．2遗传连锁图谱的构建

4．3数量遗传性状(QTL)定位研究

4．4遗传图谱构建与QTL定位在木本油植物中的应用研究

5研究目的及意义

6研究内容及研究路线

第二章光皮树全基因组测序与组装

1材料与方法

1．1材料

1．2试验仪器与设备

1．3光皮树DNA提取与质量检测

1．4光皮树基因组文库构建及测序

1．5光皮树基因组测序数据的质量控制

1．6光皮树基因组大小和杂合度分析

1．7光皮树基因组组装

1．8光皮树基因组注释

2结果与分析

2．1光皮树基因组survey分析

2．2NT比对

2．3K-mer分析

2．4光皮树基因组的组装

2．5光皮树基因组Hic辅助组装

2．6光皮树基因组注释

3小结

第三章光皮树比较基因组和系统进化分析

1材料与方法

1．1基因家族分析

1．2系统进化分析

1．3物种分歧时间估算

1．4基因家族扩张和收缩分析

1．5正选择分析

1．6全基因组复制分析

1．7基因组共线性分析

2结果与分析

2．1光皮树基因家族分析

2．2光皮树系统进化及基因家族扩张和收缩分析

2．3光皮树正选择分析

2．5光皮树全基因组复制与共线性分析

第四章光皮树花不同发育时期转录组测序分析

1材料与方法

1．1材料

1．2RNA提取与检测

1．3文库构建与质检

1．4测序

1．5数据质控

1．6序列比对到参考基因组

1．7基因表达水平定量

1．8差异表达分析

1．9基因富集分析

1．10可变剪切分析

1．11SNP分析

2结果与分析

2．1RNA测序数据的质量评估

2．2基因定量分析

2．3光皮树转录组可变剪切鉴定

2．4光皮树差异表达基因GO功能富集分析

2．5光皮树差异表达基因KEGG通路富集分析

3小结

第五章光皮树遗传连锁图谱构建

1．2试验方法

1．3数据分析软件

2结果与分析

2．2简化基因组测序原始数据质控

2．3简化基因组测序原始数据统计

2．4RAD-tag文库构建与深度统计

2．5SNP标记基因分型结果与统计

2．6光皮树遗传连锁图谱构建

3小结

第六章光皮树重要经济性状QTL定位解析

1材料与方法

1．1材料

1．2表型观测

1．3分子标记检测

1．4变异检测分析

1．5全基因组关联分析

2结果分析

2．1光皮树幼苗表型性状分化

2．2光皮树Fl幼苗表型性状在连锁群上的分布

2．3叶片相关性状的QTL分析

2．4变异检测

2．5全基因组关联分析

3小结

第七章讨论与结论

1讨论

1．1基因组测序与组装

1．2基因组注释

1．3．光皮树系统进化位置

1．4光皮树复杂基因组的进化历史

1．5光皮树花期转录组学研究

1．6光皮树遗传连锁图谱构建

1．7光皮树重要经济性状QTL定位

2结论

第八章创新点与下一步研究计划

8．1创新点

8．2下一步研究计划

参考文献

附录

致谢

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