来自不同地理分布的柳树物种的泛转录组分析,Forests

来自不同地理分布的柳树物种的泛转录组分析
Forests ( IF 2.5 ) Pub Date : 2023-06-07 , DOI: 10.3390/f14061182
Zhenyu Yan 1 , Li Chen 1 , Ying Guo 1 , Xiaogang Dai 1 , Tongming Yin 1 , Liangjiao Xue 1

Affiliation  

柳属柳树在地球上广泛分布，对人类具有重要的生态和经济价值。尽管估计约有 500 种柳属植物，但它们适应不同压力环境的基因组基础尚未得到充分探索。在这里，我们应用泛转录组方法研究了 16 种柳树的系统发育关系和遗传变异。组装了 29,668 个基因家族的泛转录组，其中 69% 在所分析的物种中表现出存在/不存在变异。与存在于所有物种中的核心基因相比，至少一个物种中不存在的壳基因家族在信号转导和对刺激的反应途径中富含基因，表明它们在与多种环境因素相互作用中的功能。基于 870 个单拷贝直向同源基因构建了 16 个柳树物种的系统发育树，提供了柳树各部分的详细进化关系。使用每个家族中的基因编号，将柳树物种进一步分配到四个物种簇中。柳树基因家族大小和基因表达水平的多样性与其地理分布密切相关。参与 DNA 修复和细胞对 DNA 损伤刺激反应的基因家族成员在中国西南部高海拔地区的柳树物种中得到扩展，这可能有助于它们对紫外线辐射胁迫的耐受性。

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更新日期：2023-06-07

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