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用于鉴定茄子绿色果肩的dCAPS分子标记及其应用

来源：花匠小妙招时间：2025-06-17 16:30

本发明涉及生物，特别涉及一种用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记及其应用。

背景技术：

1、茄子(solanum melongena l.，2n＝24)是具有重要经济价值和营养价值的茄科蔬菜，起源于亚洲地区，在世界各地均有栽培。我国是最大的茄子生产国，2022年种植面积81.8万公顷、产量3831.9万吨，分别占全球的43.23％、64.60％(fao,2022)。一般认为我国是茄子的第二起源地以及次生演化中心，有着丰富的种质资源。在自然界中，大多数茄子果实外皮呈现的颜色有紫色、绿色、白色等，但具有果肩的茄子还不太常见。条纹图案增强了传粉者的吸引力，有助于物种多样性，而在生产中，它们直接影响着消费者的偏好。茄子果肩的形成主要是由于花青素、叶绿素和类胡萝卜素的不均匀分布所造成。茄子果实外观是一个关键的商品性状，因此精准选择具有独特外观的优良新品种符合当前的育种目标。

2、分子标记的出现为茄子提供了新的育种途径，有助于选育出更优良的品种。开发与目标性状共分离或紧密连锁并且稳定、检测方便快捷的分子标记，可以极大地提高育种中选择的准确性和效率，显著缩短育种周期，但关键是要开发高效的分子标记，这对于茄子品种改良及新品种选育具有重要意义。

3、公开于该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记及其应用，利用该引物可快速准确鉴定茄子绿色果肩。

2、为实现上述目的，本发明提供了一种用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记，所述dcaps分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，该序列的第25位y表示多态性，其为t或c。

3、dcaps分子标记seq id no.1如下：

4、aacctccatcaattgacagtgagtygaaggaattacaacgtcatgaaattaccaaaatacccccaacttaattttataataattttaagatatttatttttcaaggatttttttgaataaaacttttaaattcaacgatatttcttgtacttgatctatatctatagatgaactcaaatcatctaaagaaaaggaatgg

5、一种用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记，在茄子基因组dna中使用dcaps分子标记引物对扩增出199bp的条带，其中绿色果肩品种的扩增条带经hinfi酶切后，得到174bp的主条带，纯绿果皮品种的扩增条带经hinfi酶切后，得到199bp的主条带；

6、其中，dcaps分子标记引物对的上游引物核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物核苷酸序列如seq id no.3所示。

7、seq id no.2，f：5’-aacctccatcaattgacagtgagt-3’；

8、seq id no.3，r：5’-ccattccttttctttagatgatttg-3’。

9、用于检测权利要求1或2所述的dcaps分子标记的特异性引物对，所述特异性引物对的上游引物核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物核苷酸序列如seq id no.3所示。

10、含有上述述的特异性引物对的试剂盒。

11、优选地，上述技术方案中，所述试剂盒含有hinfi酶。

12、根据上述特异性引物对或根据上述的试剂盒在鉴定茄子绿色果肩品种中的应用。

13、优选地，上述技术方案中，用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记的应用，包括：

14、(1)在鉴定茄子绿色果肩中的应用；

15、(2)在茄子绿色果肩分子标记辅助育种中的应用。

16、一种鉴定茄子绿色果肩的方法，包括以下步骤：

17、(1)以待测茄子材料的dna为模板，用seq id no.2-3所示特异性引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；

18、(2)将所述pcr扩增产物经hinfi酶进行酶切，对酶切产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，观察电泳检测结果。

19、优选地，上述技术方案中，步骤(1)pcr反应体系为，在12μl反应体系下，dna模板液2μl，2×taq mix 5μl,正向引物和反向引物各1μl、浓度为10um/l，用3μl ddh2o将总体积补齐至12μl；

20、pcr扩增反应程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸30s，30个循环；72℃延伸5min；

21、步骤(2)凝胶为8％非变性聚丙烯酰胺凝胶。

22、酶切反应体系：hinf i 1μl，10×h buffer 2μl，dna≤1μg，用ddh2o将总体积补齐至20μl。反应条件：在37℃下，进行酶切1h。

23、优选地，上述技术方案中，步骤(2)电泳检测结果的判断方法为：

24、经hinfi酶切后，若酶切产物包含174bp主条带，说明待测茄子样品为绿色果肩品种；

25、经hinfi酶切后，若酶切产物包含199bp主条带，说明待测茄子样品为纯绿果皮品种；

26、经hinfi酶切后，若酶切产物包含199bp和174bp两条主条带，说明待测茄子样品为杂合子。

27、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：本发明用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记引物及其应用，利用亲本gs-01、wgs-02及其f1对开发的dcaps标记进行多态性筛选。经过筛选，发现分子标记gs-dcm4.02-2在双亲间具有稳定的多态性，结合f1检测结果，判断gs-dcm4.02-2为显性标记，且该标记所扩增出的产物经hinfi酶切后条带清晰，在双亲间差异明显。根据dcaps分子标记，设计dcaps分子标记引物，进行pcr扩增，观察检测结果，鉴定茄子绿色果肩。使用本发明分子标记，可用于茄子绿色果肩表型的鉴定筛选，且能够快速的、准确、有效地选育具有茄子绿色果肩特性的茄子品种，加速农作物育种过程，提高育种的效率和成功率。

技术特征：

1.一种用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记，其特征在于，所述dcaps分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，该序列的第25位y表示多态性，其为t或c。

2.一种用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记，其特征在于，在茄子基因组dna中使用dcaps分子标记引物对扩增出199bp的条带，其中绿色果肩品种的扩增条带经hinfi酶切后，得到174bp的主条带，纯绿果皮品种的扩增条带经hinfi酶切后，得到199bp的主条带；

3.用于检测权利要求1或2所述的dcaps分子标记的特异性引物对，其特征在于，所述特异性引物对的上游引物核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物核苷酸序列如seq idno.3所示。

4.含有根据权利要求3所述的特异性引物对的试剂盒。

5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有hinfi酶。

6.根据权利要求3所述特异性引物对或根据权利要求4或5所述的试剂盒在鉴定茄子绿色果肩品种中的应用。

7.根据权利要求1或2所述的用于鉴定茄子绿色果肩的dcaps分子标记的应用，包括：

8.一种鉴定茄子绿色果肩的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(1)pcr反应体系为，在12μl反应体系下，dna模板液2μl、2×taq mix 5μl、正向引物和反向引物各1μl，浓度为10um/l，用3μlddh2o将总体积补齐至12μl；

10.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(2)电泳检测结果的判断方法为：

技术总结
本发明公开了一种用于鉴定茄子绿色果肩的dCAPS分子标记，所述dCAPS分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该序列的第25位Y表示多态性，其为T或C。使用本发明分子标记，可用于茄子绿色果肩表型的鉴定筛选，且能够快速的、准确、有效地选育具有茄子绿色果肩特性的茄子品种，加速农作物育种过程，提高育种的效率和成功率。

技术研发人员：王鹏,张枭璐,方华蓉,于文进,李依沚其,严晓云,黄晶晶,张俊威
受保护的技术使用者：广西大学
技术研发日：
技术公布日：2025/1/20