安徽省农业科学院完成两个红枫树种基因组测序,揭示了不同枫叶的遗传密码
红枫是红花槭(Acer rubrum)、鸡爪槭(Acer palmatum)等一系列槭属枫叶观赏树种的俗称,我国长江中下游地区是红枫的重要起源中心。
红花槭为槭属乔木树种,原产于北美,叶片宽大、色泽鲜艳,在我国20余省份均有引种;鸡爪槭为落叶小乔木,著名乡土观赏树种,姿态潇洒、叶形秀丽,深受人们的喜爱,广泛应用于城乡园林绿化。近日,安徽省农业科学院园林植物与景观工程团队联合国内多家单位,在国际权威期刊Plant Physiology and Biochemistry(中科院二区,影响因子5.437)、International Journal of Biological Macromolecules(中科院一区,影响因子8.025)先后报道了红花槭、鸡爪槭染色体级别基因组。
其中,红花槭有39条染色体,基因组组装大小为1.69Gb,共注释到64644个基因;经流式细胞仪分析和survey分析共同预测,红花槭为同源六倍体植物,且该物种杂合度较高,重复序列较多。同时,进行了比较基因组学、转录组和代谢组学分析,鉴定了一批色素合成基因及代谢物,揭示了红花槭叶色转变与花青素差异化积累密切相关。
鸡爪槭为二倍体、13条染色体,基因组组装大小745.75 Mb,共注释28559个基因;鸡爪槭的基因组经历了一次与核心双子叶植物祖先类似的古老三倍化事件,但未发现近期的全基因组加倍事件。本研究构建了鸡爪槭的参考基因组,解析了鸡爪槭的遗传密码,结合转录组、代谢组分析,系统揭示了不同季节鸡爪槭叶色基因表达与代谢物间的紧密联系。
红花槭、鸡爪槭全基因组测序的完成为不同枫叶色素合成调控网络解析开辟了新视角,为高观赏价值枫叶观赏资源的开发利用提供了基础数据。安徽省农业科学院任杰研究员为论文主要通讯作者,已毕业博士生陆小雨、工程所陈竹博士分别为第一/共一作者。
原文链接:
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0981942822003187?via%3Dihub、https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0141813022028689
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