揭秘被子植物最“高调”的先驱:睡莲基因组
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时间:2024-09-05 06:22
在所有植物之中,被子植物(开花植物)共有35万种,相对其它所有加起来不超过4万种的绿色植物,其无疑有着支配级的物种数量。多种多样的花,连同应运而生对传粉者的吸引,是他们打破原先生态位分配的利剑。
12月19日,蓝星睡莲(Nymphaea colorata)的基因组文章在《自然》杂志在线发表。睡莲有着赛博朋克的标准配色,同时也有着赛博朋克的精神——基因组告诉我们,被子植物反叛的种子在一两亿年前就已经种下了。莫奈在其庭院盯着池水中的睡莲开始创作时,或许难以想象眼前这些个磨人的小妖精居然是现存开花植物的早期分化类群,甚至是“最早分化被子植物”头衔的有力角逐者。基因组研究或许可以帮助我们回答一些思考已久的问题。
什么是早期开花植物分化类群呢? 睡莲目(Nymphaeales),无油樟目(Amborellales)以及木兰藤目(Austrobaileyales)三者被合称为被子植物早期分化类群,既ANA早期被子植物类群。早期分化类群也既最早出现的被子植物的直系后代。在系统发育的概念中,早期分化的类群不等同于“祖先”、“古老”,或者所谓“和恐龙一同存活过”。就好像鸟类是恐龙的后代一样,这些早期分化类群保留了被子植物祖先身上最纯粹的血脉,是现生植物中最有可能与被子植物的祖先具有相似的形态与基因的。眼前的睡莲物种,可能仅仅在几百万年前甚至更近期(和被子植物两亿年的历史比起来,确实不算什么)才演化出来,但他们确是我们让被子植物祖先开口说话的窗口。
睡莲 睡莲科Nymphaeaceae属睡莲目。睡莲的外形富有未来感,类群众多,分布广泛,也是园艺市场的宠儿。但这依然遮不住ANA类群的标签。相比之下,无油樟分布于新喀里多尼亚的一个小岛上,花小,低调而朴实,更契合人们对于远古事物的想象。
睡莲和莲都是园艺界大名鼎鼎的植物。相对于莲,睡莲有着更多的物种,相应的品种也是层出不穷。虽然两者在名字和形态上相似,容易被当做同一类植物,但他们的血缘关系是十分远的———后者实为真双子叶植物的早期分化出去的类群。他们形态的相似,可能是由于趋同进化所造成的结果。
这一次睡莲基因组的发表,让无油樟的“经纪公司”免去了一次公关危机。不同的基因集合与系统发育构建方式,是推断不确定关系的必经之路。最终,不同方式构建的系统发育结果,并没有改变无油樟是被子植物最早分化类群的结论,支持长期以来的假说。这个结果至少潜在说明了:现生的被子植物并非是从水中开始发迹的。
睡莲基因组包含了70个MADS-box基因家族成员:控制花萼与花瓣分化的AP1/FUL和AGL6,控制花瓣和雄蕊的AP3和PI,控制雄蕊和心皮的AG,以及与前三者都具有暧昧关系的SEP1。其中A类的FUL和SEP1基因,来源于一次种子植物分化前的串联重复事件。 睡莲目特有的古多倍化事件是帮助其得到超越其他ANA类群物种数量的对城宝具。这次事件使得与雌雄蕊发育相关的基因在睡莲中大量出现,潜在给予了睡莲多雄蕊的特性。此外,其他的开花调控基因大量增加,这些基因可能与睡莲早晚的开闭相关,这同时也是睡莲名称的由来。 进化赋予睡莲以十八般武艺,但用不用则是睡莲的自由。ABC模型是被子植物花形成的分子基础,该理论是在拟南芥、金鱼草等较后期才分化出的物种中提出的。这个模型是否在被子植物起源的早期就产生作用呢?
想知道这些基因在睡莲中是不是真的在干活,转录组是很好的监工。通过检测起到花各部分器官形成决定作用的MADS-box基因是否在对应的器官中表达,可以确定对应的基因是否真的有在干活。通过根茎叶,花萼,花瓣,雄蕊和雌蕊的转录组数据,研究团队分别在花的对应部位都检测到了对应MADS-box基因的表达,说明这些基因是真的有在干活的。在被子植物起源的初期,这些疯盒子们的功能已经形成了。
睡莲多样的花色给我们以瞎想:在真双子叶和单子叶植物尚未爆发占领地球的时候,睡莲科也曾经经历过繁荣。相较而言,其蓝色花瓣是园艺性状中较受欢迎的。研究者通过比较蓝色与白色的睡莲得知,花青素合成通路末端生成的飞燕草素是赋予睡莲蓝色的主要原因。其中,花青素合成酶与飞燕草素调控酶在这个过程中起到关键的作用。
12月19日,蓝星睡莲(Nymphaea colorata)的基因组文章在《自然》杂志在线发表。睡莲有着赛博朋克的标准配色,同时也有着赛博朋克的精神——基因组告诉我们,被子植物反叛的种子在一两亿年前就已经种下了。莫奈在其庭院盯着池水中的睡莲开始创作时,或许难以想象眼前这些个磨人的小妖精居然是现存开花植物的早期分化类群,甚至是“最早分化被子植物”头衔的有力角逐者。基因组研究或许可以帮助我们回答一些思考已久的问题。
什么是早期开花植物分化类群呢? 睡莲目(Nymphaeales),无油樟目(Amborellales)以及木兰藤目(Austrobaileyales)三者被合称为被子植物早期分化类群,既ANA早期被子植物类群。早期分化类群也既最早出现的被子植物的直系后代。在系统发育的概念中,早期分化的类群不等同于“祖先”、“古老”,或者所谓“和恐龙一同存活过”。就好像鸟类是恐龙的后代一样,这些早期分化类群保留了被子植物祖先身上最纯粹的血脉,是现生植物中最有可能与被子植物的祖先具有相似的形态与基因的。眼前的睡莲物种,可能仅仅在几百万年前甚至更近期(和被子植物两亿年的历史比起来,确实不算什么)才演化出来,但他们确是我们让被子植物祖先开口说话的窗口。
睡莲 睡莲科Nymphaeaceae属睡莲目。睡莲的外形富有未来感,类群众多,分布广泛,也是园艺市场的宠儿。但这依然遮不住ANA类群的标签。相比之下,无油樟分布于新喀里多尼亚的一个小岛上,花小,低调而朴实,更契合人们对于远古事物的想象。
睡莲和莲都是园艺界大名鼎鼎的植物。相对于莲,睡莲有着更多的物种,相应的品种也是层出不穷。虽然两者在名字和形态上相似,容易被当做同一类植物,但他们的血缘关系是十分远的———后者实为真双子叶植物的早期分化出去的类群。他们形态的相似,可能是由于趋同进化所造成的结果。
这一次睡莲基因组的发表,让无油樟的“经纪公司”免去了一次公关危机。不同的基因集合与系统发育构建方式,是推断不确定关系的必经之路。最终,不同方式构建的系统发育结果,并没有改变无油樟是被子植物最早分化类群的结论,支持长期以来的假说。这个结果至少潜在说明了:现生的被子植物并非是从水中开始发迹的。
TypeII系统发育结果得到更多支持,即以上描述的第一种情况 | Zhang et al., 2019
起源时间与古多倍化 基于大量数据的系统发育,给了我们一次弄清被子植物家谱的机会——一颗稳稳的二叉树。在了解了不同节点的相对遗传距离后,可以将特定的时间点锚定到系统树上,以此推算出所有未知事件发生的时间,所对应的节点也就是物种形成事件。 特定的时间是什么呢?最常用,也是最"一手"的数据就是化石。根据碳同位素的标定,可以知道化石距今的大致时间,这个时间也代表了对应的植物类群存在这个世上的最晚时间。在睡莲基因组分析中,根据21颗化石的标定,推算得知所有被子植物的起源时间为2.34亿至2.63亿年前。而单双子叶分化于1.71亿到2.03亿前。在睡莲目中,睡莲科与莼菜科在1.47亿至1.85亿年前发生分化,也就是说,最早的睡莲科植物,是在第一株植物走上陆地后的4亿年后,在地球上正式登场的。睡莲基因组包含了70个MADS-box基因家族成员:控制花萼与花瓣分化的AP1/FUL和AGL6,控制花瓣和雄蕊的AP3和PI,控制雄蕊和心皮的AG,以及与前三者都具有暧昧关系的SEP1。其中A类的FUL和SEP1基因,来源于一次种子植物分化前的串联重复事件。 睡莲目特有的古多倍化事件是帮助其得到超越其他ANA类群物种数量的对城宝具。这次事件使得与雌雄蕊发育相关的基因在睡莲中大量出现,潜在给予了睡莲多雄蕊的特性。此外,其他的开花调控基因大量增加,这些基因可能与睡莲早晚的开闭相关,这同时也是睡莲名称的由来。 进化赋予睡莲以十八般武艺,但用不用则是睡莲的自由。ABC模型是被子植物花形成的分子基础,该理论是在拟南芥、金鱼草等较后期才分化出的物种中提出的。这个模型是否在被子植物起源的早期就产生作用呢?
想知道这些基因在睡莲中是不是真的在干活,转录组是很好的监工。通过检测起到花各部分器官形成决定作用的MADS-box基因是否在对应的器官中表达,可以确定对应的基因是否真的有在干活。通过根茎叶,花萼,花瓣,雄蕊和雌蕊的转录组数据,研究团队分别在花的对应部位都检测到了对应MADS-box基因的表达,说明这些基因是真的有在干活的。在被子植物起源的初期,这些疯盒子们的功能已经形成了。
睡莲多样的花色给我们以瞎想:在真双子叶和单子叶植物尚未爆发占领地球的时候,睡莲科也曾经经历过繁荣。相较而言,其蓝色花瓣是园艺性状中较受欢迎的。研究者通过比较蓝色与白色的睡莲得知,花青素合成通路末端生成的飞燕草素是赋予睡莲蓝色的主要原因。其中,花青素合成酶与飞燕草素调控酶在这个过程中起到关键的作用。
大部分睡莲属物种(1-14)都多少具有蓝色的花瓣 | Zhang et al., 2019
对环境的适应相关知识
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睡莲基因组与开花植物的早期进化
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Nature
科学家在蔷薇科叶绿体系统发育基因组研究中取得进展
关于花卉基因组学和进化,我们有哪些疑问?
科学网—Plant Cell and Environment
睡莲一般在什么时间开花?
基因组学技术大发展助力园艺植物研究取得新进展
网址: 揭秘被子植物最“高调”的先驱:睡莲基因组 https://www.huajiangbk.com/newsview92294.html
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