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FunGuild 数据库简介

来源：花匠小妙招时间：2024-11-26 09:58

FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库，目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息；

网址如下：

http://www.stbates.org/guilds/app.php

对于数据库而言，最直接的就是看一下数据库中存储的字段信息；

点击下面的链接，可以返回FUNGuild 数据库中所有的记录，返回的文件格式是json,

这种格式是网络中数据传输的标准格式，但是对于我们来讲看起来不够直观，可以通过脚本语言处理，格式化成表格形式，

如何编程处理就不细说，直接看结果：

各个字段的信息解释如下：

taxon : 物种名称，和NCBI Taxonomy 数据库中的一致

taxonomicLevel ：物种名称对应的界，门，纲，目，科，属，种分类学水平，这里用数字标识; 0 = keyword, 3 = Phylum, 4 = Subphylum, 5 = Class, 6 = Subclass, 7 = Order, 8 = Suborder, 9 = Family, 10 = Subfamily, 11 = Tribe, 12 = Subtribe, 13 = Genus, 15 = Subgenus, 16 = Section, 17 = Subsection, 18 = Series , 19 = Subseries, 20 = Species, 21 = Subspecies, 22 = Variety, 23 = Subvariety, 24 = Form, 25 = Subform, 26 = Form Species

trophicMode : 字面意思，营养方式，共有3大类，第一类 Pathotroph，病理寄生，从宿主细胞中接受养分，并对宿主细胞有不利的影响，损人利己型，比如寄生在活体上的真菌；第二类Saprotroph；腐生，生活环境为枯枝落叶或者有机质含量丰富的土壤，典型的是蘑菇类真菌；第三类， Symbiotroph，共生型，和宿主交换养分，比如地衣；

guild : 对trophicMode 分类系统的补充，更加细分，

在Pathotroph 下，又细分成

Animal Pathogen : 动物病原菌

Plant Pathogen ：植物病原菌（这里应该是特指高等植物）

Fungal Parasite ：真菌寄生菌

Lichen Parasite ：地衣寄生菌

Bryophyte Parasite：苔藓植物寄生菌

Clavicipitaceous Endophyte ：内生真菌

在Saprotroph 下，又细分成

Dung Saprotroph ：排泄物腐生菌（如粪便）

Leaf Saprotroph ：叶子腐生菌

Plant Saprotroph ：植物腐生菌（生长环境多腐败的植物）

Soil Saprotroph ：土壤腐生菌

Wood Saprotroph ：木质腐生菌

在Symbiotroph 下，又细分：

Ectomycorrhizal ：外生菌根

Ericoid Mycorrhizal : 杜鹃花类菌根

Endophyte, Epiphyte :

Lichenized : 地衣共生菌

Confidence Ranking: 可信度， "Highly Probable" (= absolutely certain), "Probable" (= fairly certain), "Possible" (= suspected but not proven, conflicting reports given, etc.)

growthFrom: 生长形态

trait: 形状：

notes : 注意事项

ciationSource : 相关文献

可以看到这里的 guild 字段就是对真菌功能的一个细致划分，基于我们测序得到的真菌序列，就可以进行Guild 的功能注释：

FUNGuild 数据库提供了在线的工具进行功能注释，输入文件为otu 注释的表格，链接如下：

http://www.stbates.org/guilds/app.php

otu 注释表格示例如下：

前面为otu丰度表，最后一列为otu 注释信息；

把这样一张otu 注释表格，上传上去，就可以分析了，但是我测试了几遍，发现都报错了，可能是后台的程序有问题吧

不过没关系，FUNGuild 还提供了python 脚本，从本地进行注释

链接如下：https://raw.githubusercontent.com/UMNFuN/FUNGuild/master/Guilds_v1.1.py

python Guilds_v1.1.py -h usage: Guilds_v1.1.py [-h] [-otu OTU] [-m] [-u] [-db {fungi,nematode}] optional arguments: -h, --help show this help message and exit -otu OTU Path and file name of the OTU table. The script will try to detect the delimiterin the file, but tab or csv are preferred formats. -m, --matched Ask the script to output a otu table with function assigned OTUs -u, --unmatched Ask the script to output a otu table with function assigned OTUs -db {fungi,nematode} Assign a specified database to the script

用法很简单，-otu 指定otu表格，-db 指定数据库，我们肯定是用fungi

测试命令如下：

python Guilds_v1.1.py -otu otu.table -db fungi

运行过程打印如下信息：

FunGuild v1.0 Beta Connecting with FUNGuild database ... Reading in the OTU table: 'otu.table' Searching the FUNGuild database... 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100% Found 4 matching taxonomy records in the database. Dereplicating and sorting the result... FunGuild tried to assign function to 10 OTUs in 'otu.table'. FUNGuild made assignments on 4 OTUs. Result saved to 'otu.guilds.txt' Total calculating time: 17.45 seconds.

最终结果保存在 otu.guilds.txt 中，文件内容如下：

前几列就是otu,table文件中的内容，只不过对于每个otu,在后面追加了注释信息