三代测序揭示向日葵基因组花期与油脂代谢关键基因

向日葵（英文：Sunflower，学名：Helianthus annus）是一种全球性的油料作物，基因组大小约3.6G。近期法国卡斯塔内托洛桑国家农业研究院的Nicolas Langlade及同事通过纯三代基因组测序（PacBio RS II platform，102×）总共组装得到13,957contigs，覆盖全基因组大小的80%。利用4个高密度遗传图+1个物理图谱，构建出了17条假染色体，挂在率在97%。

通过转录组测序获得了不同组织器官的表达谱数据，同时构建了不同的激素水平和逆境压力下的基因共表达网络。共预测出了52,232个编码基因，5803个lncRNA，123个miRNA; 其中67个lncRNA及1,020个mRNA被鉴定为miRNA的靶基因。

文中重构了花期和油脂代谢这两大育种性状的遗传网络。通过拟南芥花期相关数据库比对分析，在向日葵中共找到了270个与花期相关的同源基因，发现其实花期网络是由最近的全基因组倍增塑造的。通过对80个驯化品系（480个F1代个体进行GWAS分析）进行重测序，借助全基因组关联分析，作者识别了与花期相关的35个候选区域。并与QTL定位获得的区间相吻合。在向日葵基因组中总共找到了与油脂合成相关的12条代谢通路，涉及429个基因。通过对产油及不产油两个群体的80份材料进行FST分析，发现与油脂代谢通路相关的基因在差异区域中能被富集。

研究人员总结称，他们的研究强化了向日葵作为生物、演化和气候变化适应研究模型的地位，且有助于加快向日葵育种。

责任编辑：

相关知识

中国学者领衔发表最新Nature文章：二代，三代测序技术揭示兰花基因关键机制
广东农科院绘制栽培种花生基因组序列图谱，揭示花生起源进化和油脂改良的分子机制
江苏里下河地区农科院与福建农林大学合作完成春兰全基因组测序并揭示兰花观赏性状的分子调控机制
Nature:科学家测定向日葵基因组
春兰全基因组测序及兰花观赏性状的分子调控机制
基因头条 | 仙湖植物园、华大等发布望春玉兰基因组；单分子长读长测序揭示精子细胞完整RNA图谱
世界首个梅花全基因组重测序研究完成
牡丹基因组测序完成 洛阳牡丹科研迈进基因时代
国内菊花脑基因组测序
园艺作物基因组测序研究进展

网址: 三代测序揭示向日葵基因组花期与油脂代谢关键基因 https://www.huajiangbk.com/newsview724919.html