分享5个好用的植物单细胞数据库

01

PCMDB

PCMDB（Plant Cell Marker Data Base）是一个植物细胞marker数据库。PCMDB收录了六种常见模式植物 (拟南芥、水稻、玉米、大豆、番茄和烟草) 的三种不同类型的细胞标记，包括实验验证的标记基因（3119个），基于Bulk RNA-seq数据的差异表达标记基因（40625个），以及通过scRNA-seq鉴定的特定细胞间的差异表达基因（46915个）。

数据库链接：

https://www.tobaccodb.org/pcmdb/homePage

PCMDB的界面非常简洁漂亮，搜索下载不同物种的各种细胞Marker时非常方便。只需在界面上点击感兴趣植物的组织部位，就可以直接查看和下载相应细胞类型的Marker基因，如下图。

02

Plant Single Cell Hub

Plant Single Cell Hub(PsctH)是由华中农业大学棉花遗传改良团队开发的植物单细胞综合数据库，旨在提供全面准确的不同植物不同组织各种细胞类型的细胞标记资源和分析流程。

数据库链接：

http://jinlab.hzau.edu.cn/PsctH/

Plant Single Cell Hub除了分享植物单细胞研究相关的方法和文献，还提供了一个植物标记基因数据库，其中所有的Marker基因都通过RNA原位杂交或GFP报告基因得到了证实。

此外，在SingleCellDB选项下，我们也可以下载不同物种不同组织的原始测序数据，便于自己进行数据分析或分析结果比较。

03

PlantscRNAdb

PlantscRNAdb是一个植物单细胞RNA分析数据库，新版的PlantscRNAdb 3.0收录了15种植物 (如拟南芥、水稻、番茄、玉米、草莓、杨树、烟草、白菜、木薯、大豆、苜蓿等)，包含114770个Marker基因。

数据库链接：

http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/index.php

通过Statistic菜单页面，我们可以查看数据库中包含的物种，点击感兴趣物种的图案，可以查看相应的标记基因信息。

以水稻为例，不同细胞类型对应标记基因的数量，如下图。

在Search选项页面，通过选择不同植物的细胞类型可检索相应的marker基因列表，反之，我们也可以通过搜索marker基因来查看对应的细胞类型。

此外，在Download选项页面，我们也可以下载感兴趣物种全部的Marker基因列表，用于更多的个性化分析。

04

PlantPhoneDB

PlantPhoneDB是一个手工整理的关于细胞通讯的植物配受体数据库，收录了拟南、水稻、番茄、玉米和杨树五个物种的大量高可信度配受体对数据。此外，研究团队也开发了相应的R包（PlantPhoneDB），可用于细胞通讯分析和可视化。

在PlantPhoneDB的web页面上，我们可以搜索指定配体或受体的详细信息，浏览数据库已有的scRNA-seq数据集对应的分析结果，也可以下载全部的配体对信息。

数据库链接：

https://jasonxu.shinyapps.io/PlantPhoneDB/

05

scPlantDB

关于scPlantDB，它是一个植物细胞图谱和标记的综合数据库。scPlantDB收录了17个植物物种的67个高质量数据集的单细胞转录组数据。

数据库链接：

https://biobigdata.nju.edu.cn/scplantdb/home

同时，它还提供了相应工具基于标记识别细胞类型，并进行系统比较和功能注释。

好啦，本次植物单细胞相关的数据库就分享到这里啦！

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