R画网络图

R  画网络图

目的：用R做生信分析，画基因样本的网络图，从中观察样本的致病性情况。

一、所用到的包

library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) library(readr) library(network) library(dplyr) library(plyr) library(sna) library(GGally) library(ggnetwork) library(tidygraph)# tidy graph analysis #library(tidyverse)# tidy data analysis library(ggraph) library(stringr) library(networkD3) library(igraph) library(visNetwork) library(threejs) library(ndtv) library(grid)   library(Rmisc) #library(vioplot) library(tibble)

13行中：tidyverse包集成了很多画图的包：如下

tidyverse_packages(include_self = TRUE)

 [1] "broom"       "cli"         "crayon"      "dplyr"       "dbplyr"      "forcats"     "ggplot2"     "haven"       "hms"         "httr"       

[11] "jsonlite"    "lubridate"   "magrittr"    "modelr"      "purrr"       "readr"       "readxln(>=" "reprex"      "rlang"       "rstudioapi"

[21] "rvest"       "stringr"     "tibble"      "tidyr"       "xml2"        "tidyverse"  

但是如果同时使用这些包，会提示tidyverse_conflicts()，使用tidyverse_conflicts()可以查看tidyverse和其他哪些包冲突：

> tidyverse_conflicts()

-- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --

x tidygraph::arrange()    masks dplyr::arrange(), plyr::arrange()

x tibble::as_data_frame() masks igraph::as_data_frame(), dplyr::as_data_frame()

x purrr::compact()        masks plyr::compact()

x purrr::compose()        masks igraph::compose()

x dplyr::count()          masks plyr::count()

x tidyr::crossing()       masks igraph::crossing()

x dplyr::failwith()       masks plyr::failwith()

x tidygraph::filter()     masks dplyr::filter(), stats::filter()

x igraph::groups()        masks tidygraph::groups(), dplyr::groups()

x dplyr::id()             masks plyr::id()

x dplyr::lag()            masks stats::lag()

x tidygraph::mutate()     masks dplyr::mutate(), plyr::mutate()

x tidygraph::rename()     masks dplyr::rename(), plyr::rename()

x purrr::simplify()       masks igraph::simplify()

x dplyr::summarise()      masks plyr::summarise()

x dplyr::summarize()      masks plyr::summarize()

所以我注释掉了tidyverse&

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