增强子活性的动态变化在肿瘤发生过程中的作用及机制研究

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目录

第一章 引言

1.1 表观遗传学概述

1.1.1 表观遗传学的历史与发展

1.1.2 DNA甲基化

1.1.3 组蛋白修饰

1.1.4 非编码RNA

1.2 衍生于二代测序技术的表观遗传学研究方法

1.2.1 二代测序技术

1.2.2 ChIP-seq技术

1.2.3 RNA-seq技术

1.3 增强子

1.3.1 增强子的概念

1.3.2 增强子的特征

1.3.3 增强子与癌症

第二章 材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1 细胞系

2.1.2 培养基和溶液

2.1.3 试剂

2.1.4 试剂盒

2.1.5 抗体信息

2.1.6 引物信息

2.1.7 动物

2.1.8 仪器

2.2 实验方法

2.2.1 细胞培养

2.2.2 小鼠相关实验

2.2.3 蛋白质组学检测

2.2.4 免疫印迹实验

2.2.5 ChIP相关实验

2.2.6 RNA-seq实验

2.2.7 免疫组化实验

2.3 数据分析方法

2.3.1 数据处理平台

2.3.2 论文测序数据及公共数据

2.3.3 分析软件信息

2.3.4 ChIP-seq数据预处理

2.3.5 RNA-seq数据预处理

2.3.6 定义增强子和超级增强子

第三章 增强子活性变化在乳腺癌发生过程中的机制研究

3.1 小鼠正常乳腺与乳腺肿瘤组织的蛋白质组学分析

3.1.1 数个位点的组蛋白修饰的富集存在差异

3.1.2 免疫印迹实验验证蛋白质组学的分析结果

3.2 H3K27ac与H4K8ac的富集程度影响乳腺癌的发生

3.2.1 组织ChIP实验的摸索与改进

3.2.2 H3K27ac与H4K8ac分布区域相似度高

3.2.3 H3K27ac与H4K8ac都会在增强子区域富集

3.2.4 H3K27ac与H4K8ac在病人乳腺癌病人样品中高富集

3.3 乳腺癌发生过程中超级增强子的变化

3.3.1 超级增强子活性与乳腺癌的发生密切相关

3.3.2 超级增强子可通过调控其临近基因的转录影响乳腺癌发生

3.4 带有H3K4me3的超级增强子与乳腺癌发生

3.4.1 如何定义有H3K4me3修饰富集的超级增强子

3.4.2 分析验证增强子区域H3K4me3修饰的存在

3.4.3 ChIP-qPCR实验验证增强子区域H3K4me3修饰的存在

3.4.4 H3K4me3超级增强子对于基因转录的促进作用更强

3.4.5 H3K4me3超级增强子与乳腺癌发生密切相关

3.5 p300抑制剂C646可以抑制小鼠乳腺癌的发生

3.5.1 C646对于MMTV-PyVT小鼠的乳腺癌发生具有抑制作用

3.5.2 C646可以选择性抑制MMTV-PyVT小鼠中癌基因的表达

3.6 小结

第四章 增强子活性变化在结直肠癌发生过程中的机制研究

4.1 结直肠癌病人样品信息统计

4.2 测序数据可以较好地区分癌组织与癌旁组织

4.3 结直肠癌的发生伴随着大量增强子活性的改变

4.3.1 找出癌组织与癌旁组织间的VEL

4.3.2 GAIN VEL与结直肠癌的发生显著相关

4.4 超级增强子的活性变化有潜力成为结直肠癌病人的分类标准

4.4.1 找出关键的超级增强子临近基因与VSEL

4.4.2 使用VSEL活性对结直肠癌病人进行分类

4.5 多种转录因子参与了结直肠癌的发生

4.6 小结

第五章 总结与讨论

参考文献

攻博期间发表的科研成果目录

致谢

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