建立烏腳綠竹次世代定序database及其花朵發育相關之MADS基因

【摘要】：利用組織培養的方式我們可以使烏腳綠竹(Bambusaedulis)在試管內開花.這些材料皆是很重要且珍貴的材料進行竹,一種幼年性長的植物,其開花及花朵發育的分子機制.定序的技術在近年來有重大的突破.利用次世代定序建立轉錄組可以作為非模式植物研究的一個重要方法.我們將烏腳綠竹的所有器官RNA混合進行不同方法,illumina and454的定序.並用生物資訊的方法合併資訊.結果認為組合兩種data可以使得contig的長度增加.從這些資料中可以找到我們所需的基因如MADS.MADS認為是與花朵發育有很大的關係.目前在水稻,其花朵構造最近似,目前已找出16MADS基因與其花朵發育有關.從這些資料中,我們可以找到烏腳綠竹的相似基因.有些基因並非全長,利用綠竹的BAC的方法及毛竹基因組資訊可以將其全長找出來.並且利用qPCR的方式了解其表現的階段及位置.這些MADS的表現位置與水稻相似,認為其這些MADS基因在禾本科中的BEP clade中的功能是高度保留.本文証明這個transcriptome database及其他竹類資訊的方法及步驟被認為對綠竹屬的全基因選殖及研究有很大的幫助.

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