OrchidBase 4.0：兰花基因组学和分子生物学数据库,BMC Plant Biology

OrchidBase 4.0：兰花基因组学和分子生物学数据库
BMC Plant Biology ( IF 4.3 ) Pub Date : 2021-08-12 , DOI: 10.1186/s12870-021-03140-0
Yu-Yun Hsiao , Chih-Hsiung Fu , Sau-Yee Ho , Chung-I Li , You-Yi Chen , Wan-Lin Wu , Jeen-Shing Wang , Di-Yang Zhang , Wen-Qi Hu , Xia Yu , Wei-Hong Sun , Zhuang Zhou , Ke-Wei Liu , Laiqiang Huang , Si-Ren Lan , Hong-Hwa Chen , Wei-Sheng Wu , Zhong-Jian Liu , Wen-Chieh Tsai

兰花科是最大的单子叶植物科，也是世界范围内具有重要经济意义的观赏植物。鉴于这种植物对人类的关键作用，植物研究人员和育种社区应该能够获得这种植物的宝贵基因组和转录组信息。之前，我们建立了 OrchidBase，其中包含来自蝴蝶兰不同组织和发育阶段以及生物和非生物胁迫处理的蝴蝶兰的表达序列标签 (EST)。该数据库包括来自兰花科所有五个亚科的 10 个兰花物种的花转录组序列。最近，对Apostasia shenzhenica、Dendrobium catenatum和Phalaenopsis equestris的全基因组序列进行了从头组装和分析。这些数据集用于开发 OrchidBase 4.0，包括这三种兰花物种的基因组和转录组数据。OrchidBase 4.0 提供基因注释、基因表达的信息，每千碱基转录本每百万映射读数 (FPKM)、KEGG 通路和 BLAST 搜索。此外，组装的基因组序列以及基因和 miRNA 的位置可以通过基因组浏览器进行可视化。OrchidBase 4.0 中的在线资源可以通过浏览或使用 BLAST 访问。用户还可以下载这三个兰花物种的组装支架序列和预测的基因和蛋白质序列。OrchidBase 4.0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得 0 提供有关基因注释、每百万映射读数 (FPKM)、KEGG 通路和 BLAST 搜索的每千碱基转录本片段的基因表达信息。此外，组装的基因组序列以及基因和 miRNA 的位置可以通过基因组浏览器进行可视化。OrchidBase 4.0 中的在线资源可以通过浏览或使用 BLAST 访问。用户还可以下载这三个兰花物种的组装支架序列和预测的基因和蛋白质序列。OrchidBase 4.0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得 0 提供有关基因注释、每百万映射读数 (FPKM)、KEGG 通路和 BLAST 搜索的每千碱基转录本片段的基因表达信息。此外，组装的基因组序列以及基因和 miRNA 的位置可以通过基因组浏览器进行可视化。OrchidBase 4.0 中的在线资源可以通过浏览或使用 BLAST 访问。用户还可以下载这三个兰花物种的组装支架序列和预测的基因和蛋白质序列。OrchidBase 4.0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得 组装的基因组序列以及基因和 miRNA 的位置可以通过基因组浏览器进行可视化。OrchidBase 4.0 中的在线资源可以通过浏览或使用 BLAST 访问。用户还可以下载这三个兰花物种的组装支架序列和预测的基因和蛋白质序列。OrchidBase 4.0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得 组装的基因组序列以及基因和 miRNA 的位置可以通过基因组浏览器进行可视化。OrchidBase 4.0 中的在线资源可以通过浏览或使用 BLAST 访问。用户还可以下载这三个兰花物种的组装支架序列和预测的基因和蛋白质序列。OrchidBase 4.0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得 0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得 0 是第一个包含多个兰花物种的全基因组序列和注释的数据库。OrchidBase 4.0 可从 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/ 获得

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更新日期：2021-08-12

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