红鳍笛鲷皮肤转录组分析及体色相关基因克隆、表达与进化研究

摘要

英文摘要

目录

第一章 前言

1．1 鱼类体色研究进展

1．1．1 鱼类体色形成的基础

1．1．2 体色的影响因素

1．1．3 鱼类体色基因研究进展

1．2 转录组学技术在鱼类体色研究中的应用

1．2．1 转录组学

1．2．2 转录组学在鱼类体色研究中的应用

1．3 笛鲷属鱼类研究进展

1．4 本研究的目的和意义

第二章 红鳍笛鲷黑色与红色皮肤色素细胞研究

2．1 材料与方法

2．1．1 实验材料

2．1．2 主要试剂及配方

2．1．3 主要仪器

2．1．4 实验方法

2．2 结果与分析

2．2．1 红鳍笛鲷不同发育时期色素分布观察

2．2．2 红鳍笛鲷皮肤色素细胞形态结构观察

2．2．3 红鳍笛鲷黑色皮肤部位色素细胞分布

2．2．4 红鳍笛鲷红色皮肤部位色素细胞分布

2．3 讨论

第三章 基于高通量测序的红鳍笛鲷黑色和红色皮肤组织的转录组分析

3．1 实验材料与仪器

3．1．1 实验材料

3．1．2 主要药品、试剂和酶

3．1．3 主要仪器设备

3．2 实验方法

3．2．1 总RNA的提取及检测

3．2．2 cDNA文库的构建及转录组测序

3．2．3 测序数据的生物信息学分析

3．2．4 转录组测序结果的qPCR验证

3．3 结果与分析

3．3．1 测序数据的组装结果

3．3．2 组装数据的功能注释结果

3．3．3 红鳍笛鲷黑色和红色皮肤转录组中差异表达基因分析

3．3．4 实时荧光定量PCR验证

3．4 讨论

3．4．1 红鳍笛鲷皮肤转录组的测定及与其他物种皮肤转录组比较

3．4．2 红鳍笛鲷黑色和红色皮肤转录组中差异表达基因分析

3．4．3 红鳍笛鲷中体色相关基因的发掘与分析

第四章 红鳍笛鲷Mitf基因的克隆、表达与进化分析

4．1 实验材料

4．1．1 动物及菌株

4．1．2 实验试剂

4．1．3 溶液、培养基及配制方法

4．1．4 实验仪器

4．1．5 实验用引物序列

4．2 实验方法

4．2．1 RNA的提取

4．2．2 PCR扩增目的基因片段

4．2．3 PCR产物切胶回收

4．2．4 感受态细胞的制备

4．2．5 目的片段的连接反应

4．2．6 转化

4．2．7 菌液PCR鉴定阳性克隆及样品送测

4．2．8 RACE技术获得基因全长

4．2．9 基因序列的生物信息学分析

4．2．10 基因表达特异性分析

4．3 结果与分析

4．3．1 红鳍笛鲷MITF基因的克隆序列和进化关系分析

4．3．2 红鳍笛鲷mitf基因成鱼各组织及胚胎发育不同时期表达分析

4．4 讨论

4．4．1 红鳍笛鲷mitf基因序列与进化分析

4．4．2 红鳍笛鲷mitf基因表达分析

第五章 红鳍笛鲷酪氨酸酶基因家族的克隆、表达与进化分析

5．1 实验材料

5．2 实验方法

5．3 结果与分析

5．3．1 红鳍笛鲷酪氨酸酶基因家族基因的克隆序列和进化关系分析

5．3．2 红鳍笛鲷酪氨酸酶基因家族基因在成鱼各组织表达分析

5．4 讨论

5．4．1 红鳍笛鲷酪氨酸酶基因家族基因的序列特征和进化关系分析

5．4．2 红鳍笛鲷酪氨酸酶基因家族在红鳍笛鲷各组织的表达分析

第六章 结论与展望

参考文献

博士学习期间撰写、发表的主要论文

致谢

声明

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