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木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析

来源：花匠小妙招时间：2024-10-27 20:09

研究报告/Research Report

木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析

张露1,2,3

, 李世峰1,2,

, 宋杰1,2,3

, 解玮佳1,2,

, 彭绿春1,2,3

, 李树发1,2,

, 王继华1,2,3*

1云南省农业科学院花卉研究所, 昆明, 650205;
2国家观赏园艺工程技术研究中心, 昆明, 650205;
3云南省花卉育种重点实验室, 昆明, 650205
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2018 年, 第 37 卷, 第 45 篇
收稿日期: 2017年02月03日    接受日期: 2017年03月11日    发表日期: 2018年01月25日

摘要

本研究采用高通量测序技术(Illumina HiseqTM2000)首次对世界名贵园林花卉马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)进行了基因组大小的测定，并评估了马缨杜鹃的GC含量、杂合率和序列重复度等信息参数，为马缨杜鹃全基因组测序策略的选择提供了有据参考。全基因组扫描结果如下：马缨杜鹃的基因组大小约为698 Mb，杂合率较高约为1.25%，GC含量约为39%，且具有一定的基因组序列重复度。研究表明：马缨杜鹃的全基因组测序分析不宜采用全基因组鸟枪法(WGS)，可尝试WGS与fosmid或BAC-to-BAC相结合的测序策略，亦或采用杂合组装软件进行序列拼装，以提高全基因组序列的拼装质量。

关键词

马缨杜鹃；基因组大小；杂合率；GC含量；重复序列

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