省林科院获得首个钟花樱T2T基因组
近日,我院林木育种研究所利用第二代、第三代测序技术手段,获得了首个樱花物种钟花樱无间隙的端粒到端粒(telomere-to-telomere,T2T)基因组,并通过与先前基因组比较分析,检测到多个序列和结构变异,鉴定了钟花樱染色体的端粒和着丝粒的位置和序列信息。该研究成果由我院独立完成(第一作者及通讯作者等均为我院研究人员),并在影响因子11.8的国际期刊Gigascience发表。
钟花樱是具有重要遗传和观赏价值的乡土樱花物种,此前其T2T全基因组未得到研究,此次研究组装的钟花樱基因组具有高度连续性和准确性。研究团队通过多种生物信息学方法,鉴定出28961个蛋白编码基因,并发现1402个新基因,这些基因在植物的防御机制、转录调控和抗逆性等方面发挥了重要作用。此外,还鉴定了336943个单核苷酸多态性和1413个结构变异,揭示了钟花樱基因组的丰富变异信息。研究团队利用端粒重复序列,成功确认了13个端粒位置,进一步完善了钟花樱的基因组结构。
这一突破性成果不仅有助于解析樱花的重要功能基因及基因组变异,还将推动樱花分子育种、遗传多样性研究及环境适应性研究的发展。未来,该基因组资源将在樱花品种改良、抗性提升和精准育种等方面发挥重要作用,为樱花的保护与开发提供有力支撑。
(院林木育种研究所)
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