菊花花型关键性状的全基因组关联分析

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1 引言

1.1 高等植物花型研究进展

1.2 菊花花型研究进展

1.3.1 比较形态学方法

1.3.2 数量分类学方法

1.3.3 基于分子标记的分类方法

1.4 菊花花型形成机理的研究方法

1.4.1 反向遗传学

1.4.2 正向遗传学

1.5 全基因组关联分析

1.5.1 全基因组关联分析在高等植物中的研究进展

1.5.2 全基因组关联分析在菊花中的研究进展

1.6.1 本研究的目的和意义

1.6.2 研究目标

1.6.3 拟解决的关键科学问题

1.7 本研究的技术路线

2 菊花花型性状的解析

2.1.1植物材料

2.1.2 试验方法

2.2结果与分析

2.2.1花瓣形态的定义与分类

2.2.2花瓣数量的定义与分类

2.2.3花瓣指向的定义与分类

2.2.4花瓣排列组合方式的定义与分类

2.3讨论

2.3.1菊花花型定义的科学性和有效性

2.3.2菊花花型分类的科学性和有效性

2.4本章小结

3 关联群体花型性状变异分析

3.1.1 植物材料

3.1.2 试验方法

3.2结果与分析

3.2.1花型相关质量性状在关联群体中的分布分析

3.2.2花型相关数量性状在关联群体中的变异分析

3.3讨论

3.3.1菊花花型质量性状分布分析

3.3.2菊花花型数量性状变异分析

3.4本章小结

4 菊花GBS测序和SNP标记开发

4.1.1 植物材料

4.1.2 试验方法

4.2 结果与分析

4.2.1 菊花关联群体GBS测序

4.2.2 关联群体SNP标记开发

4.2.3不同群体SNP标记AMOVA分析

4.2.4关联群体遗传多样性分析

4.2.5不同群体的SNP标记分布

4.3讨论

4.3.1栽培菊花自然群体SNP变异分析

4.3.2高度杂合的栽培群体测序策略探讨

4.3.3高度杂合的栽培群体SNP标记开发

4.4本章小结

5 菊花关联群体亲缘关系分析

5.1.1植物材料

5.1.2试验方法

5.2结果与分析

5.2.1基于SNP标记的的群体结构分析

5.2.2 基于SNP标记的聚类分析

5.2.3 基于SNP标记的的主成分分析

5.2.4基于SNP标记的关联群体亲缘关系分析

5.3.1不同类型的菊花品种群亲缘关系分析

5.3.2基于SNP标记进行菊花花型分类的可行性

5.3.3基于SNP标记菊花花型演化探讨

5.4本章小结

6 菊花花型全基因组关联分析和候选基因鉴定

6.1.1 植物材料

6.1.2 试验方法

6.2 结果与分析

6.2.1 通过MLM进行菊花花型全基因组关联分析

6.2.2 花瓣形态的全基因组关联分析

6.2.3 花瓣指向的全基因组关联分析

6.2.4 花瓣数量的全基因组关联分析

6.3讨论

6.3.1利用MLM进行菊花花型性状关联分析的可行性

6.3.2菊花花型的全基因组关联分析

6.3.3菊花花型的候选基因挖掘

6.4本章小结

7 全文总结

7.1 主要结论

7.2 本研究创新点

7.3 后续研究工作展望

参考文献

附录

个人简介

导师简介

获得成果目录清单

致谢

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