荷花‘青玉’花瓣转录组测序以及花开放差异基因分析

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目录

中文摘要

1文献综述

1.1荷花概述

1.2转录组测序技术

1.2.1 转录组概念

1.2.2 第一代测序Sanger技术

1.2.3 新一代测序技术—Roche454测序技术

1.2.4新一代测序技术—Applied Biosystems SOLiD测序

1.2.5 新一代测序技术—Solexa/Illumina测序技术

1.3转录组测序在植物中的应用

1.4植物花开放过程中花瓣生长的研究

1.4.1 花开放过程中花瓣生理变化

1.4.2 植物花开放过程中分子调控机制研究

1.4.3植物激素对植物花开放的影响

1.5荷花的研究进展

1.5.1 荷花的种质资源研究

1.5.2荷花开花过程的生理生化研究

1.5.3 荷花开花相关的分子生物学研究

2引言

3材料与方法

3.1 试验材料

3.1.1 植物材料

3.1.2 数据分析

3.1.3 试验试剂

3.1.4 试验工具与耗材

3.1.5 PCR引物

3.2 试验方法

3.2.1 荷花样本选择与处理

3.2.2 转录组测序和基本数据处理及生物信息分析

3.2.3 转录组测序目的基因的数据分析

3.2.4 Real-time PCR验证分析

4结果与分析

4.1 测序数据质量分析

4.2 Illumina测序及序列组装结果

4.2.1 转录组测序数据组装与分析

4.2.2 Unigene功能分析

4.3 转录组测序不同花期差异表达基因

4.3.1 差异表达上调基因与下调基因分析

4.3.2 差异表达基因GO功能分析

4.3.3 差异表达基因GO功能富集分析

4.3.4 差异表达基因COG分类

4.3.5 差异表达基因KEGG代谢通路分析

4.3.6 差异表达基因KEGG代谢通路富集分析

4.4 影响花开放的相关目的基因分析

4.4.1 乙烯相关基因分析

4.4.2 生长素相关基因分析

4.4.3 细胞分裂素相关基因分析

4.4.4 细胞壁相关基因分析

4.5 Real-time PCR

4.5.1 荷花总RNA的提取与检测

4.5.2 荷花目的基因序列的PCR扩增结果

4.5.3荧光定量Real-time PCR

5 结论与讨论

5.1 结论

5.2 讨论

5.2.1 转录组测序在植物的花开放过程研究

5.2.2 植物激素在开花过程中的影响

5.2.3 展望

参考文献

英文摘要

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