绣球花族叶绿体基因组结构比较与系统发育研究

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目录

1 前言

1.1 绣球花族概述

1.1.1 绣球花族简介

1.1.2 绣球花族的系统发育研究及存在的问题

1.2 叶绿体基因组

1.2.1 叶绿体基因组研究现状

1.2.2 叶绿体基因组的进化和RNA编辑位点

1.2.3 叶绿体基因组在系统发育学研究上的应用

1.3 研究目的及意义

2.1 材料

2.2 实验方法

2.2.1 DNA提取

2.2.2 叶绿体基因组的建库测序

2.3 数据分析

2.3.1 叶绿体基因组的组装注释

2.3.2 叶绿体基因组的结构与组成比较

2.3.3 叶绿体基因组的重复元件和SSR分析

2.3.4 叶绿体基因组的共线性分析

2.3.5 叶绿体基因组的变异热点分析

2.3.6 蛋白编码基因的适应性进化分析

2.3.7 蛋白编码基因的RNA编辑位点分析

2.3.8 系统发育分析

2.3.9 分歧时间分析

3 结果

3.1 绣球花族叶绿体基因组比较

3.1.1 叶绿体基因组特征

3.1.2 叶绿体基因组的收缩与扩张

3.1.3 叶绿体基因组的重复序列分析

3.1.4 叶绿体基因组的SSR分析

3.1.5 叶绿体基因组共线性分析

3.1.6 叶绿体基因组变异热点分析

3.1.7 蛋白编码基因的适应性进化分析

3.1.8 蛋白编码基因的RNA编辑位点分析

3.2 系统发育分析

3.3 分化时间分析

4 讨论

4.1 绣球花族叶绿体基因组比较

4.1.1 叶绿体基因结构特点和基因组成

4.1.2 IR区的收缩和扩张及变异热点

4.1.3 重复序列及SSR分析

4.1.4 适应性进化分析

4.1.5 RNA编辑位点

4.2 系统发育关系

4.3 分化时间

5 总结与展望

参考文献

附录A：攻读学位期间的研究成果、参研项目和获奖情况

附录B

致谢

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