茄子高质量基因组公布

茄子( Solanom melongena L.) 是茄科 (Solanaceae) 茄属 (Solanum) 的一种重要蔬菜作物；我国是茄子第一生产国，近十年来，我国茄子年产量一直占世界产量的60%左右；茄子在我国长期的栽培驯化过程中，随各地生态环境和消费习惯的不同，形成了众多相对稳定的地方品种类型 （图1） ；茄子相对于同科的番茄、辣椒、马铃薯来说，研究相对落后。

图1 世界茄子产量分布（2018，FAO数据）以及不同茄子类型果实多样性

近日，浙江省农业科学院蔬菜研究所在Horticulture Research在线发表了题为A high-quality chromosome-level genome assembly reveals genetics for important traits in eggplant的研究论文。该研究以浙江紫红线茄 （杭茄类型） 骨干育种自交系为试材，通过利用Nanopore、Illumina HiSeq、10×Genomic、Hi-C等测序技术，共获得488.64Gb数据，测序覆盖度达到405.51×，构建了茄子染色体版本基因组，基因组大小为1.07Gb，Contig N50为5.26Mb，Scaffold N50为89.64Mb；该基因组具有较高的连续性和完整性，为茄子各项研究提供了高质量参考基因组，基因组数据可以在Eggplant Genome Database下载使用:

http://eggplant-hq.cn/

图2 茄子基因组数据库网站

该研究通过比较基因组分析了茄子与番茄、辣椒、马铃薯等9种茄科作物的进化关系以及基因家族的聚类、扩张和收缩，同时利用最新的茄子基因组 (S. melongena-HQ) 与非洲茄子 (S. aethiopicum) 、意大利茄子 (S. melongena-67/3) 、日本茄子 (S. melongena-NS) 进行了比较分析，发掘了栽培茄子与野生茄子间的7362个大片段SVs，1988560个indels等遗传变异信息。

茄子的消费习惯具有很强的区域性，不同类型茄子果形差异较大。该研究利用紫红线茄 （杭茄） 与短圆果型茄子配制的分离群体，对控制果实长度性状基因进行了预测。利用QTL-seq定位技术，经过对 △ (All-index) 计算分析，将控制果实长度性状的主效QTL位点初定位在3号染色体71.29~78.26Mb的区间内 （图3） ；结合前期利用遗传图谱在3号染色体定位到的与果形相关的QTL位点fs3.1 (77.62~79.77Mb) ，同时利用茄子参考基因组和210个分子标记 （涉及71个连锁性状） 锚定的QTL热点区域 （图4） ，预测基因Smechr0301963是调控果实长度的候选基因。

https://www.nature.com/articles/s41438-020-00391-0

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