蕨类植物分类

处理此一情形的一种可能方法是只将薄囊蕨类视为“真正的”蕨类，而将其他三个类群视为“蕨类相关”。而在实际上，也已有数个分类法在规划著，并已有了少许的共识。由 Smith et al. 于2006年提出的新分类法是基于现代基因系统学研究，加上形态学的资料所规划出来的分类法。此一分类法将蕨类植物分成四个纲：
蕨类植物化石(15张)
松叶蕨纲Psilotopsida
木贼纲Equisetopsida
合囊蕨纲Marattiopsida
真蕨纲Polypodiopsida
最后一个类群包含着大多数主要被视为蕨类的植物。现今的研究支持以前基于形态学，将紫萁科认为是由薄囊蕨类演化史早期分支出来的一科；在某种意义上，这一科是介于厚囊蕨类和薄囊蕨类的中间位置上。
分类
下列为 Smith et al. 所提出的完整分类架构：
松叶蕨纲Psilotopsida
瓶尔小草目Ophioglossales
瓶尔小草科Ophioglossaceae（包含阴地蕨科Botrychiaceae、七指蕨科Helminthostachyaceae）
松叶蕨目Psilotales
松叶蕨科Psilotaceae（包含二囊松叶蕨科Tmesipteridaceae)
木贼纲Equisetopsida
木贼目Equisetales
木贼科Equisetaceae
合囊蕨纲Marattiopsida
合囊蕨目Marattiales
合囊蕨科Marattiaceae（包含莲座蕨科Angiopteridaceae、天星蕨科Christenseniaceae、多孔蕨科Danaeaceae、Kaulfussiaceae）
真蕨纲Pteridopsida
紫萁目Osmundales
紫萁科Osmundaceae
膜蕨目Hymenophyllales
膜蕨科Hymenophyllaceae（包含Trichomanaceae)
里白目Gleicheniales
里白科Gleicheniaceae（包含Dicranopteridaceae、羽叶里白科Stromatopteridaceae）
双扇蕨科Dipteridaceae（包含燕尾蕨科Cheiropleuriaceae）
马顿蕨科Matoniaceae
沙草蕨目Schizaeales
海金沙科Lygodiaceae
密穗蕨科Anemiaceae（包含Mohriaceae）
沙草蕨科Schizaeaceae
槐叶苹目Salviniales
苹科Marsileaceae（包含Pilulariaceae）
槐叶苹科Salviniaceae（包含满江红科Azollaceae）
桫椤目Cyatheales
伞序蕨科Thyrsopteridaceae
偏环蕨科Loxomataceae
垫囊蕨科Culcitaceae
瘤足蕨科Plagiogyriaceae
金毛狗蕨科Cibotiaceae
桫椤科Cyatheaceae（包含Alsophilaceae、Hymenophyllopsidaceae）
蚌壳蕨科Dicksoniaceae（包含毛囊蕨科Lophosoriaceae）
蚌沙蕨科Metaxyaceae
水龙骨目Polypodiales
鳞始蕨科Lindsaeaceae（包含Cystodiaceae、Lonchitidaceae）
袋囊蕨科Saccolomataceae
碗蕨科Dennstaedtiaceae（包含姬蕨科Hypolepidaceae、稀子蕨科Monachosoraceae、蕨科Pteridiaceae）
凤尾蕨科Pteridaceae(包含卤蕨科Acrostichaceae、辐射蕨科Actiniopteridaceae、铁线蕨科Adiantaceae、Anopteraceae、车前蕨科Antrophyaceae、水蕨科Ceratopteridaceae、Cheilanthaceae、珠蕨科Cryptogrammaceae、裸子蕨科Hemionitidaceae、Negripteridaceae、水蕨科Parkeriaceae、Platyzomataceae、中国蕨科Sinopteridaceae、竹叶蕨科Taenitidaceae、书带蕨科Vittariaceae）
铁角蕨科Aspleniaceae
金星蕨科Thelypteridaceae
岩蕨科Woodsiaceae（包含蹄盖蕨科Athyriaceae、Cystopteridaceae）
乌毛蕨科Blechnaceae（包含光叶藤蕨科] Stenochlaenaceae)
球子蕨科Onocleaceae
鳞毛蕨科Dryopteridaceae（包含叉蕨科Aspidiaceae、实蕨科Bolbitidaceae、舌蕨科Elaphoglossaceae、肿足蕨科Hypodematiaceae、Peranemataceae）
藤蕨科Lomariopsidaceae(包含肾蕨科 Nephrolepidaceae)
三叉蕨科Tectariaceae
莜蕨科Oleandraceae
骨碎补科Davalliaceae
水龙骨科Polypodiaceae（包含槲蕨科 Drynariaceae、禾叶蕨科 Grammitidaceae、雨蕨科 Gymnogrammitidaceae、剑蕨科Loxogrammaceae、鹿角蕨科 Platyceriaceae、Pleurisoriopsidaceae）

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