基于全基因组SNP分子标记分析青海云杉遗传结构

摘要：

以张掖龙渠青海云杉（Picea crassifolia）无性系种子园中的106个青海云杉亲本无性系为研究材料，采用改良CTAB法，提取的青海云杉基因组DNA，构建SLAF文库并进行高通量测序，之后分析SLAF测序数据和筛选SNP位点，基于邻接法分析得到样品的聚类情况。研究得出：将测序的水稻日本晴reads与其参考基因组进行比对，显示本试验双端比对效率为95.33%，说明SLAF建库成功。本研究中所测序列的Q30较高，碱基测 序错误率低，测序质量高；本研究共开发4 058 883个SLAF标签，标签的平均测序深度为21.21×。共开发 12 275 765个青海云杉SNP标记，各青海云杉样本的SNP数量为1 890 934~4 487 841。利用已开发的高质量青海云杉SNP标记，构建了106个青海云杉的系统发育树，发现来自不同种源的青海云杉在各组中分布比较均匀，不同种源的青海云杉多聚为一类。通过SNP标记和主成分分析，这些无性系来源于同一个祖先的可能性较大，表明无性系间亲缘关系相近。为今后遗传多样性的分析、遗传图谱的构建等提供了基础数据，也为青海云杉初级种子园去劣疏伐提供依据，为高世代种子园的营建奠定基础。

中图分类号: 

S722.5

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