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捕蝇草的转录组和基因组

来源:花匠小妙招 时间:2025-05-10 07:43

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达尔文在研究开花植物的进化时,常常感到沮丧,他对食肉植物不同寻常的适应性非常着迷,他称其为“令人憎恶的谜团”。达尔文在食虫植物论文中指出,捕蝇草 (Dionaea muscipula) 是“世界上最奇妙的植物之一”。对食肉植物的研究 […]

AJ坎恩

达尔文在他对开花植物进化的经常令人沮丧的研究中对食肉植物的不同寻常的适应性着迷,他称之为“令人厌恶的谜团”。 达尔文关于食虫植物的论文指出维纳斯捕蝇草(小菜蛾) 是“世界上最美妙的地方之一”。 自达尔文时代以来,对食虫植物的研究一直在继续。

还通过基因组大小估计寻求对植物食肉动物的分子适应性的理解。 被子植物的基因组大小相差超过 2,300 倍,与 巴黎粳稻 (~149 Gbp) 到食肉动物 龙胆 (~63 Mbp)。 这种巨大变异的生物学意义令人费解。

PLOS ONE 的一篇新论文检查了维纳斯捕蝇草的转录组和基因组, 小菜蛾. 转录组提供了对发生在 Gb 大小的食肉植物基因组中的分子过程的一些见解。 观察到与催化、抗氧化和电子载体活性相关的基因表达相关过程的大量表示。 短读档案的未来统一荟萃分析,包括食肉动物的 cDNA 序列 乌tric 和 瓶子草 物种将有助于食虫植物及其生态学的研究。 这强调了进一步扩展序列库的重要性,尤其是对于非模型生物,以提高对与达尔文“可恶之谜”相关的分子生理学和进化的理解。

Jensen MK、Vogt JK、Bressendorff S、Seguin-Orlando A、Petersen M 等人。 (2015) 捕蝇草的转录组和基因组大小分析。 PLoS ONE 10(4):e0123887。 doi:10.1371/journal.pone.0123887
抽象
食虫维纳斯捕蝇草(小菜蛾) 因达尔文对植物食肉动物和物种起源的研究而闻名。 提供分析进化和功能基因组学的工具 小肌 D., 我们对从分离自 mRNA 合成的标准化 cDNA 文库进行了测序 小肌 D. 鲜花和陷阱。 使用 Oases 转录组组装器,将 79,165,657 个经过质量修饰的读数组装成 80,806 个 cDNA 重叠群,平均长度为 679 bp,N50 长度为 1,051 bp。 总共鉴定出 17,047 种独特的蛋白质,并将其分配给基因本体论 (GO) 并分类为功能类别。 共鉴定出 15,547 个全长 cDNA 序列,其中在 10,941 个中检测到开放阅读框。 比较 GO 分析表明 小肌 D. 在与催化、抗氧化和电子载体活性相关的分子功能中具有高度代表性。 此外,使用基于单拷贝序列 PCR 的方法,我们估计了基因组大小 小肌 D. 大约是3 GB。 我们的基因组大小估计和转录组分析将有助于未来对这种迷人的单型物种及其异养适应性的研究。

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所属分类:花卉
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