综述 | 后基因组时代芸薹属及其相关物种的基因组研究
十字花科是被子植物最大的科之一,包括已知的340个属的4636个种,其中 芸薹属物种具有极高的经济价值,包括了许多重要的蔬菜、油料、饲料作物,如白菜、甘蓝、油菜、芥菜、芜菁甘蓝等。芸薹属物种是中古六倍体,近期又形成了多个异源四倍体种,是研究多倍体基因组演化的模式物种。继拟南芥基因组测序完成之后,经历了近10年完成了第一个其近缘栽培物种白菜的基因组测序。随后10年,芸薹属禹氏三角中的全部物种相继完成了基因组破译。迄今,已有43个十字花科物种的基因组草图发表。在参考基因组构建完成之后的后基因组时代,基因组演化、作物驯化、重要农艺性状相关基因的挖掘、及转录组、表观组、三维基因组等多组学研究在芸薹属物种中相继开展,并取得了一系列重大突破。
近日,Horticulture Re search 上线了(Advance Access)中国农业科学院蔬菜花卉研究所题 为Investigation of Brassica and its relative genomes in the post-genomics era(后基因组时代芸薹属及其相关物种的基因组研究)的综述论文。
本文全面系统地对后基因组时代芸薹属及其相关物种的泛基因组构建、基因组变异发掘和重要性状的GWAS分析、异源多倍体的同源置换、芸薹属物种驯化研究、表观组学和三维基因组构建及基因组数据库构建等方面的研究进展进行了综述。在此基础上,进一步对芸薹属今后的研究方向进行了展望,指出快速发展的基因组技术,特别是单细胞测序和三维转录组技术的大规模应用,以及蛋白质结构的高精度预测技术将有力推动芸薹属作物基因组研究的快速发展。论文对系统了解芸薹属及其近缘物种的基因组研究的最新成果,指导十字花科栽培物种基因组研究与应用具有重要参考价值。
图 芸薹属作物的起源及驯化
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