红花变豆菜叶绿体基因组结构及同属种间关系研究

红花变豆菜(Sanicula rubriflora F.Schmidt)是有药用价值的植物，全株干燥后与其他药用同属植物易混淆，种间关系存在争议，通过高通量测序技术对红花变豆菜叶绿体基因组测序，利用生物信息学方法对测序数据进行拼接、注释，首次报道红花变豆菜叶绿体基因组结构及特点，利用叶绿体基因组数据，提供种间分类新证据，并且分析相关类群的进化关系。S.rubriflora叶绿体基因组序列的长度为155 721 bp，其中包括一个85 981bp的大单拷贝区(large single copy,LSC)和一个17 060 bp的小单拷贝区(small single-copy region,SSC)，它们被两个26 340 bp的反向重复区(inverted repeat sequence,IRs)隔开。红花变豆菜叶绿体基因组GC含量为38.20%，包含129个基因，其中84个蛋白质编码基因，37个tRNA基因和8个rRNA基因。红花变豆菜叶绿体基因组结构具有高度保守性，其中编码基因共有51 907个密码子，最多编码5 095个亮氨酸，最少编码689个色氨酸，简单重复序列分析共发现32个位点，大多数是单碱基重复的A/T类型。叶绿体基因组聚类结果支持天胡荽亚科(Hydrocotyloideae)是伞形科(Umbelliferae)内比较原始的类群；变豆菜亚科(Saniculoideae)和芹亚科(Apioideae)为姊妹类群，是伞形科较进化的类群；变豆菜属植物是一个相对自然的类群；红花变豆菜与黄花变豆菜(S.flavovirens)为近缘姊妹种，但是两者形态和地理分布差异较大。该研究结果为变豆菜属属下种间鉴定及其种间演化奠定基础。 （共9页)

相关知识

红花变豆菜是有药用价值的植物，利用叶绿体基因组研究其发育，进化有重要意义。研究发现红花变豆菜叶绿体基因组CG含量为38．2%，共包含129个基因，其中84个蛋白
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