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一种用于区分雨久花和水葫芦的DNA探针、试剂盒及方法

来源：花匠小妙招时间：2025-01-11 20:30

本发明涉及分子生物学，具体涉及一种用于区分雨久花和水葫芦的dna探针、试剂盒及方法。

背景技术：

1、雨久花的花和叶都极具观赏价值，是一种非常值得开发利用的水景植物。凤眼莲，又叫水葫芦，是雨久花科家族中的一员，繁殖能力特别强，一旦侵入湖泊、河流、水道、水塘等淡水水域，只要条件适合，就不断的繁殖，快速覆盖整个水面，降低了水体中的透光度和水中溶解氧的浓度，致使其他水生植物乃至水生动物缺氧、缺光而死亡，是目前世界上危害最严重的水生漂浮植物，被列为世界十大害草之一。雨久花和水葫芦都是雨久花科植物，外观非常相似，同是水生植物，花色都是蓝紫色系，因此外部形态辨别上存在一定局限性。

2、分子鉴定技术是一种基于生物基因组差异进行分子水平信息鉴定的技术，相比于传统形态学特征鉴定的主观性、复杂性，分子鉴定技术可以将物种间的区别以序列数据的形式可观化、简单化，以更为高效地获得更加可靠的鉴定结果。

3、叶绿体基因组（cpdna）分子标记在植物科学领域中具有重要意义，特别是在系统发育、进化生物学、物种鉴定、种群遗传学以及生态学和保护生物学等方面。叶绿体基因组通常是单一的环形分子，大小在120-160 kb范围内，包含一系列编码光合作用、电子传递和其他生物合成途径的基因，其具有高度的遗传稳定性、低重组率和母体遗传特性。这些特点使得叶绿体基因组成为高效和可靠的分子标记，能够提供高解析度的信息，特别适用于解析疏远亲缘关系的植物和评估种群结构、基因流以及历史动态。通过比较不同物种或种群的叶绿体基因组，研究人员可以更深入地了解植物如何适应各种生态环境以及背后的演化机制，从而为生物多样性保护和可持续利用提供科学依据。

技术实现思路

1、为解决上述技术中存在的问题，本发明提供一种用于区分雨久花和水葫芦的dna探针，所述dna探针的序列为seq.id.no.1所示的核苷酸序列。

2、其中，所述dna探针上标记有示踪标记。

3、其中，所述标记为同位素标记或非同位素标记。

4、其中，所述同位素标记为酶或者有色基团。

5、以及，一种区分雨久花和水葫芦的方法，包括如下步骤：

6、s1提取待测植物的叶绿体基因组dna；

7、s2以该植物的叶绿体基因组为模板进行pcr扩增，使用前述述的dna探针检测叶绿体特异性基因是否存在；

8、s3若叶绿体特异性基因存在，则判断该植物为水葫芦。

9、以及，一种区分雨久花和水葫芦的试剂盒，该试剂盒包括前述的dna探针。

10、本发明的有益效果为：根据雨久花和水葫芦叶绿体基因组对齐结果，我们发现11kb区域的存在一段差异位点。通过这一个位点，我们可以区分雨久花和水葫芦，为分子标记的理想位点。我们截取了差异位点的上下游80 bp的序列作为参考序列选取同源序列设计引物。以雨久花和水葫芦的dna作为模板进行pcr扩增，在2个模板中均能扩增出单一明亮、与预期大小一致的条带，证明对叶绿体基因组序列分析得到的差异位点片段存在且可进行扩增和后续鉴定。

11、对pcr扩增产物进行sanger测序，并将测序结果进行比对，比对结果显示在水葫芦在此位点存在一个15 bp插入位点能够将雨久花和水葫芦区分开，依据该位点设计了寡核苷酸荧光探针，可应用rpa（recombinase polymerase amplification）等分子生物学方法对雨久花和水葫芦叶片组织进行检测，通过是否存在荧光信号即可实现其分子鉴定，以此能够可靠有效地区分雨久花和水葫芦。

技术特征：

1.一种用于区分雨久花和水葫芦的dna探针，其特征在于，所述dna探针的序列为seq.id.no.1所示的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的一种用于区分雨久花和水葫芦的dna探针，其特征在于，所述dna探针上标记有示踪标记。

3.根据权利要求2所述的一种用于区分雨久花和水葫芦的dna探针，其特征在于，所述标记为同位素标记或非同位素标记。

4.根据权利要求3所述的一种用于区分雨久花和水葫芦的dna探针，其特征在于，所述同位素标记为酶或者有色基团。

5.一种区分雨久花和水葫芦的方法，其特征在于，包括如下步骤：

6.一种区分雨久花和水葫芦的试剂盒，其特征在于，试剂盒包括如权利要求1-4任一所述的dna探针。

技术总结
本发明涉及一种用于区分雨久花和水葫芦的DNA探针、试剂盒及方法，该DNA探针序列为SEQ.ID.NO.1所示的核苷酸序列。本申请根据雨久花和水葫芦叶绿体基因组对齐结果，我们发现11 kb区域的存在一段差异位点。通过这一个位点，我们可以区分雨久花和水葫芦，为分子标记的理想位点。并以此设计引物，可应用RPA（Recombinase Polymerase Amplification）等分子生物学方法对雨久花和水葫芦叶片组织进行检测，通过是否存在荧光信号即可实现其分子鉴定，以此能够可靠有效地区分雨久花和水葫芦。

技术研发人员：孔华,郝志刚,姜晓琦,张雨良,常丽丽,黄启星,曹扬,周霞,杨小亮,张立兰,潘磊,徐嘉擎
受保护的技术使用者：中国热带农业科学院三亚研究院
技术研发日：
技术公布日：2024/10/31