两个早花樱桃（Cerasus × kanzakura）品种“河津樱”和“热海樱”的基因组测序和分析,DNA Research

摘要 为了深入了解观赏樱桃（又称樱花）的早花表型，我们确定了两个早花樱桃（Cerasus × kanzakura）品种“河津樱”和“热海樱”的基因组序列。因为这两个品种是种间杂种，可能来自 Cerasus campanulata（早花物种）和 Cerasus speciosa 之间的杂交，我们采用了单倍型解析的序列组装策略。根据两个可能的祖先的基因组序列信息，通过单分子实时测序 (SMRT) 从每个品种获得的基因组序列读数被分成两个子集，并组装以获得单倍型阶段的基因组序列。'Kawazu-zakura' 的最终基因组组装跨越 519.8 Mb，包含 1,544 个重叠群，N50 值为 1,220.5 kb，而“Atami-zakura”的总大小为 509.6 Mb，包含 2,180 个 contig，N50 值为 709.1 kb。在'Kawazu-zakura'和'Atami-zakura'的基因组组装中分别预测了总共72,702和69,528个潜在的蛋白质编码基因。基因聚类分析确定了 C. campanulata 单倍型序列中唯一存在的 2,634 个簇，这可能有助于其早花表型。本研究确定的基因组序列为阐明观赏樱桃树品种及其近缘种早花表型的分子和遗传机制提供了基本信息。分别在'Kawazu-zakura'和'Atami-zakura'的基因组组装中预测了528个潜在的蛋白质编码基因。基因聚类分析确定了 C. campanulata 单倍型序列中唯一存在的 2,634 个簇，这可能有助于其早花表型。本研究确定的基因组序列为阐明观赏樱桃树品种及其近缘种早花表型的分子和遗传机制提供了基本信息。分别在'Kawazu-zakura'和'Atami-zakura'的基因组组装中预测了528个潜在的蛋白质编码基因。基因聚类分析确定了 C. campanulata 单倍型序列中唯一存在的 2,634 个簇，这可能有助于其早花表型。本研究确定的基因组序列为阐明观赏樱桃树品种及其近缘种早花表型的分子和遗传机制提供了基本信息。

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上海交大张才喜团队等发布滇西边境细花樱桃高质量基因组揭秘高抗病遗传机制 2023年04月23日 责任编辑
赏樱前线 | 是时候，与河津樱大道来一次早春的约会了~

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