白草花叶病毒承德玉米分离物3'

【摘要】：本研究从河北承德采集了11个表现矮花叶症状的玉米样品,用甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)和白草花叶病毒(Pennisetum mosaic virus,PenMV)简并引物扩增了基因组3'端约2.1kb的片段并进行测序。Blast结果表明8个样品中含有PenMV,这在河北省尚属首次发现。扩增到的PenMV序列均为2135bp,包括部分NIb基因(985bp),完整的CP基因(909bp)和3'-UTR(241bp),在推定的氨基酸序列中,NIb含有依赖RNA的RNA聚合酶共有的GDD保守基序,与CP的切割位点为Q/S;CP含有302个氨基酸,N'端含有马铃薯Y病毒属病毒蚜虫非持久性传播所需要的DAG基序。在核苷酸一致率分析中,CP基因和3'-UTR与GenBank上其他PenMV分离物相应序列的核苷酸一致率分别为89.8%～93.4%和95.9%～97.9%,CD9与同时测定的承德分离物序列一致率较低,而与GenBank上分离物相应序列的一致率较高。在根据扩增的2 135bp序列和CP基因序列构建的系统发育树中,PenMV被分成了和地理来源相关的承德组和山西组。但CD9却分别被分在了承德组和山西组,暗示CD9的基因组可能有重组。重组分析表明,CD9是承德分离物CD2和山西分离物PenMV-C重组的结果。

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